El Tribunal Superior de Justicia de Cantabria tiene su antecedente inmediato en las antiguas Audiencias Territoriales nacidas con la Constitución de 1812, el texto legal que es la piedra angular de la arquitectura jurídica española. La Carta Magna surgida de las Cortes de Cádiz otorgó a las Audiencias Territoriales la competencia de las causas civiles y penales en el territorio bajo su influencia.

Por vez primera, se establecían las bases para que los jueces ejercieran con independencia. Los jueces tenían la función exclusiva de juzgar y hacer cumplir lo juzgado y se impedía a las Cortes o al Rey el ejercicio de funciones jurisdiccionales, así como la potestad de archivar causas pendientes o abrir juicios fenecidos.

Hubo que esperar hasta 1835 para que vieran la luz las Ordenanzas de las Audiencias. Fueron unos documentos esenciales que dividieron las Audiencias en tres Salas distintas con diferentes competencias jurisdiccionales: dos Salas de lo Civil y una Sala de lo Penal.

Esta organización judicial fue respetada por la Ley Orgánica del Poder Judicial de 1870 y, en esencia, se conserva todavía, con la salvedad de las jurisdicciones que han ido incorporándose por el transcurso del tiempo y la evolución de la sociedad.

Los Tribunales Superiores de Justicia, con su conformación y demarcación territorial actual, surgen de la planta creada en el artículo 26 de la Ley Orgánica del Poder Judicial de 1985. Se constituyeron el 23 de mayo de 1989.

Atrás quedaron las antiguas Audiencias Territoriales, dándose así paso a un modelo judicial que comprendía el mapa autonómico y adaptado a las exigencias de la Constitución de 1978.

Los Tribunales Superiores culminan de esta forma la España de las Autonomías, si bien se configuran como Poder del Estado no descentralizado, dependientes del Consejo General del Poder Judicial, frente a los poderes Ejecutivo y Legislativo que sí tienen su versión autonómica.

Antes de la existencia del Tribunal Superior de Justicia de Cantabria, la Audiencia Provincial de Santander (hoy Audiencia Provincial de Cantabria) era el máximo órgano de la provincia y dependía de la Audiencia Territorial de Burgos. La Audiencia Provincial tenía su sede en la Calle Alta de Santander.

Con la creación del Tribunal Superior de Justicia, se decide acondicionar el antiguo convento de las monjas Salesas de la Avenida de Pedro San Martín como sede del alto tribunal, en el que también se instala la Audiencia Provincial.

Desde su creación, el Tribunal Superior de Justicia de Cantabria ha tenido cuatro presidentes: Claudio Movilla, que lo fue desde su creación hasta enero de 1997; Francisco Javier Sánchez Pego, que accedió al cargo en marzo de ese mismo año y lo abandonó en septiembre de 2004, César Tolosa Tribiño, presidente desde diciembre de 2004, y José Luis López del Moral, que tomó posesión de su cargo el 9 de marzo de 2015.