El Tribunal Superior de Justícia de Cantàbria té el seu antecedent immediat en les antigues Audiències Territorials nascudes amb la Constitució de 1812, el text legal que és la pedra angular de l'arquitectura jurídica espanyola. La Carta Magna sorgida de les Corts de Cadis va atorgar a les Audiències Territorials la competència de les causes civils i penals al territori sota la seva influència.

Per primera vegada, s'establien les bases perquè els jutges exercissin amb independència. Els jutges tenien la funció exclusiva de jutjar i fer complir el jutjat i s'impedia a les Corts o al Rei l'exercici de funcions jurisdiccionals, així com la potestat d'arxivar causes pendents o obrir judicis finalitzats.

Va caldre esperar fins a 1835 perquè veiessin la llum les Ordenances de les Audiències. Van ser uns documents essencials que van dividir les Audiències en tres Sales diferents amb diferents competències jurisdiccionals: dues Sales civils i una Sala penal.

Aquesta organització judicial va ser respectada per la Llei orgànica del poder judicial de 1870 i, en essència, es conserva encara, amb l'excepció de les jurisdiccions que s’han anat incorporant pel transcurs del temps i l'evolució de la societat.

Els Tribunals Superiors de Justícia, amb la conformació i la demarcació territorial actual, sorgeixen de la planta creada a l'article 26 de la Llei orgànica del poder judicial de 1985. Es van constituir el 23 de maig de 1989.

Enrere van quedar les antigues Audiències Territorials, i es va donar pas així a un model judicial que comprenia el mapa autonòmic i adaptat a les exigències de la Constitució de 1978.

Els Tribunals Superiors culminen d'aquesta forma l'Espanya de les Autonomies, si bé es configuren com a Poder de l'Estat no descentralitzat, dependents del Consell General del Poder Judicial, davant els poders executiu i legislatiu que sí que tenen la seva versió autonòmica.

Abans de l'existència del Tribunal Superior de Justícia de Cantàbria, l'Audiència Provincial de Santander (avui Audiència Provincial de Cantàbria) era el màxim òrgan de la província i depenia de l'Audiència Territorial de Burgos. L'Audiència Provincial tenia la seva seu al Carrer Alt de Santander.

Amb la creació del Tribunal Superior de Justícia, es decideix adaptar l'antic convent de les monges Salesas de l’Avinguda de Pedro San Martín com a seu de l'alt tribunal, en el que també s'instal•la l'Audiència Provincial.

Des que es va crear, el Tribunal Superior de Justícia de Cantàbria ha tingut tres presidents: Claudio Movilla, que ho va ser des de la seva creació fins el gener de 1997; Francisco Javier Sánchez Pego, que va accedir al càrrec el març d'aquell mateix any i el va abandonar el setembre de 2004, i César Tolosa Tribiño, actual president des de desembre de 2004.