La Audiencia Nacional está integrada por:
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Seis juzgados centrales de instrucción penal
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Tres Salas: Penal, Contencioso-administrativo y Social.
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Además, están adscritos a la Audiencia Nacional diez juzgados centrales de lo contencioso, un juzgado central de lo penal y un Juzgado de Menores.
El presidente de la Audiencia Nacional tiene la consideración de presidente de Sala del Tribunal Supremo y es el presidente nato de todas sus Salas.
Entre sus atribuciones está convocar y presidir las deliberaciones de la Sala de Gobierno, fijar el orden de día de dicha Sala, someter cuantas propuestas considera oportunas, autorizar los acuerdos, velar por el cumplimiento de las medidas adoptadas por el órgano gubernativo, despachar los informes pedidos por el CGPJ y, en definitiva, ejercer todos los poderes dirigidos al buen orden del Tribunal (artículo 63.2 de la LOPJ).
En la actualidad, el magistrado Ángel Juanes (Toledo /1947) ocupa esta cargo, donde llegó procedente de la Sala de lo Militar del Tribunal Supremo.
Al comenzar su carrera judicial, sus primeros destinos fueron los Juzgados de Instrucción de las localidades de Don Benito y Mérida, en Badajoz, entre 1978 y 1980. A partir de ese año ocupó el Juzgado número 3 de San Sebastián, aunque volvió a Badajoz en 1983, para ocupar posteriormente una plaza de magistrado en las Audiencias Provinciales de Cáceres y Badajoz. En 1994 se trasladó a la Sala de lo Civil y de lo Penal del Tribunal Superior de Justicia de Extremadura y de allí pasó al Supremo a finales de 2003. La Presidencia de la Audiencia Nacional quedó vacante tras el nombramiento de Carlos Dívar al frente del Tribunal Supremo y del CGPJ.
Ángel Juanes tomó posesión como presidente de la Audiencia Nacional el 29 de abril de 2009.