La Audiencia Nacional está integrada por:

• Seis juzgados centrales de instrucción penal
• Cuatro Salas: De Apelación, Penal, Contencioso-administrativo y Social.
• Además, están adscritos a la Audiencia Nacional doce juzgados centrales de lo contencioso, un juzgado central de lo penal y un Juzgado de Menores.

El presidente de la Audiencia Nacional tiene la consideración de presidente de Sala del Tribunal Supremo y es el presidente nato de todas sus Salas.

Entre sus atribuciones está convocar y presidir las deliberaciones de la Sala de Gobierno, fijar el orden de día de dicha Sala, someter cuantas propuestas considera oportunas, autorizar los acuerdos, velar por el cumplimiento de las medidas adoptadas por el órgano gubernativo, despachar los informes pedidos por el CGPJ y, en definitiva, ejercer todos los poderes dirigidos al buen orden del Tribunal (artículo 63.2 de la LOPJ).

En la actualidad, el magistrado Juan Manuel Fernández Martínez ocupa este cargo (Nombrado mediante Real Decreto 223/2025, de 25 de marzo. BOE 26.03.2025).