En un auto, explica que, de acuerdo con la reforma legal de la justicia universal, solo cabría mantener la investigación por el delito de terrorismo al haber víctimas españolas, si bien, a su juicio, "debe extenderse el título de jurisdicción universal al resto de los  delitos" investigados de genocidio y crímenes de género, lesa humanidad, torturas, asesinato y detenciones ilegales "porque de otra forma se rompería la denominada continencia de la causa" al ser "imposible" juzgarlos por separado.

Según Pedraz, "España tiene jurisdicción sobre los hechos porque son delitos de terrorismo. Como estos hechos pueden ser constitutivos de los otros delitos, los cuales, además, serían conexos a los delitos de terrorismo, resulta incuestionable -al menos en esta fase de investigación- que la jurisdicción española es competente para conocer de todos los delitos citados".

El juez entiende que no procede plantear cuestión de inconstitucionalidad, como había pedido algunas de las partes personadas, al ser "factible" la continuación de la causa por todos los delitos investigados y no proceder el archivo.

Pedraz acuerda también dirigir comisión rogatoria a Guatemala a fin de comprobar si han existido procedimientos judiciales sobre estos mismos hechos "con las debidas garantías" de acuerdo con el Derecho Internacional. Una vez recibido, se elevara exposición razonada al Tribunal Supremo para que lo compruebe, tal y como establece la reforma judicial.