El Tribunal Superior de Justicia estará integrado por las siguientes Salas: de lo Civil y Penal, de lo Contencioso-Administrativo y de lo Social.

 Se compondrá de un Presidente, que lo será también de su Sala de lo Civil y Penal, de los Presidentes de Sala y de los Magistrados que determine la ley para cada una de las Salas y, en su caso, de las Secciones que puedan dentro de ellas crearse.

El presidente del Tribunal Superior de Justicia tiene la consideración de Magistrado del Tribunal Supremo y es el máximo representante del Poder Judicial en la Comunidad Autónoma del País Vasco. Es nombrado por el Consejo General del Poder Judicial por un periodo de cinco años. Durante su mandato compatibiliza las tareas  gubernativas y representativas del cargo con las funciones jurisdiccionales como presidente de la Sala Civil y Penal del Alto Tribunal.

Es también presidente de la Junta Electoral de la Comunidad Autónoma Vasca y presidente de la Comisión Arbitral establecida en el artículo 34 del Estatuto de Gernika, para dirimir los conflictos de competencia que se susciten entre las Instituciones de la Comunidad Autónoma y las de cada uno de sus Territorios Históricos.

El Presidente del Tribunal Superior de Justicia del País Vasco es el magistrado D. Ignacio José Subijana Zunzunegui.