Entzutegi Nazionalaren Gobernu Aretoa gobernu eskumenak dituen barne gobernuko organoa da. Besteak beste, organo judizialen banaketa arauak onartzea, BJKN-ak eskatutako txostenak gauzatzea, erakundearen jardueren urteko memoria idaztea, ordezko magistratuak proposatzea, baita disziplina botere zehatzak ere.

Entzutegi Nazionalaren Gobernu Aretoa zortzi kidengatik osatuta dago, lau kide petoak direlarik: Entzutegi Nazionaleko Lehendakaria eta Entzutegia osatzen duten antolaketa jurisdikzional bakoitzari dagokion hiru Auzi geletako Lehendakari bakoitza, Entzutegi Nazionalera esleitutako Magistratu guztien artean demokratikoki hautatuak izan diren beste hiru kide. Gobernuaren Idazkariak, aldi berean, Gobernu Aretoan parte hartzen du, Idazkari Judizialei edo Gobernuaren Idazkariei dagokien gaietan ahots eta botoa edukirik eta aipatu diren gaietatik ezberdinak diren kontuen kasuan dokumentazioaren inguruko funtzioak gauzatzera mugatuz.