Le Tribunal Superior de Justicia se composera des Salas (chambres) suivantes:  " de lo Civil y Penal " (en matière civile et pénale), " de lo Contencioso-Administrativo " (contentieux administratif) et " de lo Social " (matière sociale).

 Il se composera d'un Presidente (Président), qui le sera également de sa " Sala de lo Civil y Penal ", des " Presidentes de Sala " et des " Magistrados " déterminés par la Loi pour chacune des " Salas " et, le cas échéant, des " Secciones " (Sections) qui pourraient être créées en leur sein.

Le président du Tribunal Supérieur de Justice est considéré comme Magistrat de la Cour de Cassation et il est le plus haut représentant du Pouvoir Judiciaire dans la communauté Autonome du Pays Basque. l est nommé par le Conseil Général du Pouvoir Judiciaire pour une durée de cinq ans. Pendant son mandat, il associe les tâches de gouvernement et de représentation de la charge avec les fonctions juridictionnelles en tant que  président de la Chambre Civile et Pénale du Tribunal Supérieur.

Il est aussi le président du Bureau Électoral de la Communauté Autonome Basque et le président de la Commission Arbitrale énoncée à l'article 34 sur le Statut de Guernica pour résoudre les conflits de compétence pouvant surgir entre les Institutions de la Communauté Autonome et celles de chacun de ses Territoires Historiques.

Le président du Tribunal Supérieur de Justice du Pays Basque est le magistrat Ignacio José Subijana Zunzunegui.