El CGPJ disposa a l'actualitat de quatre edificis públics que li serveixen de seu.  Dos d'ells es troben a Madrid, un a Barcelona i l'altre a Sant Sebastià.

• Seu Principal

Situada al carrer Marqués de la Ensenada, 8 (28004 – Madrid). Va ser inaugurada el dia 13 de setembre de 1990 per Sa Majestat el Rei Juan Carlos I.

Es tracta d'un edifici construit a la segona dècada del segle XX sobre les restes d'un antic teatre incendiat.  Va ser seu del Ministeri de Treball i després del Liceu Francès.  La seva rehabilitació com a seu del CGPJ va conservar i va respectar el disseny original de la façana, les formes i l'altura original.  L'immoble pertany al Patrimoni de l'Estat.

El CGPJ va ocupar prèviament dues seus provisionals.  Una primera, a l'edifici que alberga l'Audiència Nacional (carrer García Gutiérrez, 1 de Madrid) on va estar el Consell fins al setembre de 1981.  Una segona, al passeig de La Habana, 140-142 de Madrid, on el CGPJ va romandre fins al seu trasllat definitiu a la seva actual ubicació.

• Atenció al Ciutadà i Formació Contínua

Situada al carrer Trafalgar, 27-29 de Madrid, aquesta segona seu alberga el Servei de Formació Contínua de l'Escola Judicial, el Servei d'Inspecció i l'Oficina d'Atenció al Ciutadà.

• Escola Judicial

Està situada en una finca de la serra de Collserola, anomenada “L'Esperança” a l'antic municipi de Sant Gervasi de Cassoles, avui de Barcelona

Aquesta instal•lació singular té tres parts clarament identificades.  Una primera, sobre un volum ja existent, que s'ha destinat seguint una acurada rehabilitació, a despatxos per a la direcció i administració de l'Escola Judicial, així com a la biblioteca.  La segona, de nova planta, allotja les aules i l'auditori.  La tercera, també de nova planta, està destinada a serveis comuns i comunica les dues anteriors.

La finca és propietat de la Generalitat de Catalunya que en va cedir l'ús a l'Administració General de l'Estat per ubicar l'Escola Judicial del CGPJ per un termini de trenta anys.

• Centre de Documentació Judicial (CENDOJ)

Ubicat al Palau de l'Audiència Provincial de Sant Sebastià, al carrer San Martín.  Es tracta d'un edifici clàssic, inaugurat el 1916, de planta rectangular i construida amb pedra picada.  És obra de l'arquitecte donostiarra José Gurruchaga i Martiarena, que va optar pel domini d'espaioses obertures, grans vidrieres i línies rectes.  El Govern de la Comunitat Autònoma del País Basc ha cedit el seu ús a títol gratuït al CGPJ per cinquanta anys per albergar la seu del CENDOJ.