Nafarroako Erkidegoaren Justizia Auzitegi Nagusiak, bere gertuko aurrekaria 1812ko Konstituzioarekin jaio ziren aintzinako Lurralde Auzitegietan du, arkitektura juridiko espainolaren giltzarria den testu legala dena hain zuzen ere. Cádizeko Gorteetatik sortu zen Karta Magnak Lurralde Auzitegiei hauen eraginpean zegoen lurraldearen zibileko eta zigor-arloko auzien eskumena eman zien.

Lehen aldiz, epaileek independentziaz lan egin zezaten beharrezko oinarriak finkatu ziren. Epaileen funtzio esklusiboa, epaitzea eta epaitutakoa betetzea zen eta bai Gorteei baita Erregeari ere funtzio jurisdikzionalen jardutea galerazten zitzaizkien, hala nola artxibatu gabeko auziak edo amaitutako epaiketak zabaltzeko ahalmena.

1835. urterarte itxaron beharra egon zen Auzitegien Ordenantzek argia ikusi zuten arte. Funtsezko dokumentu batzuk izan ziren Auzitegiak, eskumen jurisdikzional ezberdinak zituzten hiru Sala ezberdinetan banatu zituztenak: arlo Zibileko bi Sala eta Zigor-arloko Sala bat.

Antolaketa judizial hau, 1870. urteko Botere Judizialaren Lege Organikoagatik errespetatua izan zen eta, funtsean, oraindik mantentzen da, denboraren igarotzeagatik eta gizartearen eboluzioagatik barne sartzen joan diren jurisdikzioen salbuespenaz.

Nafarroako Justizia Auzitegi Nagusia, Nafarroako Foru Eraentza Birrezarri eta Hobeagotzeko abuztuak 10eko 13/1982 Lege Organikoaren 59. artikuluak ezartzen duenetik sortu zen.

Espainiako beste Auzitegi Nagusiak bezala, 1989ko maiatzak 23an sortu zen. Justizia Auzitegi Nagusiak, gaur egun duten lurralde  osaketa eta mugapenarekin, 1985eko Botere Judizialeko Lege Organikoaren 26. artikuluan sortutako plantatik sortzen dira. Hauek, 1989ko maiatzak 23an eratu ziren. Atzean geratu ziren beraz aintzinako Lurralde Auzitegiak, horrela, mapa autonomikoa barne hartzen zuen, 1978ko Konstituzioaren eskakizunetara egokitua zegoen eredu judizial bati bidea emanez. Justizia Auzitegi Nagusiak autonomia erkidegoaren izena hartzen du.

Nafarroako Justizia Auzitegi Nagusia gaur egun hiru Salatan banatzen da, bat ordena jurisdikzional bakoitzeko: Zibilekoa eta Zigor-arlokoa, Lan-arlokoa eta Administrazioarekiko Auziena. Autonomia erkidegoaren organo judizial gorena da.

Nafarroako Justizia Auzitegi Nagusia, Nafarroako Foru Eraentza Birrezarri eta Hobeagotzeko abuztuak 10eko 13/1982 Lege Organikoaren 59. Artikuluak ezartzen duenetik sortu zen.

Lurralde eta eskumen eredu berriak Nafarroako Lurralde Auzitegiaren desagerpena suposatu zuen, zeinek Nafarroako eta Gipuzkoako probintziak elkartzen zituen, Era berean, eredu berri honek Zibileko eta Zigor-arloko Salaren eta Lan Arloko Salaren sorrera suposatu zuen, hauei eskumen berriak esleituz.

Justizia Auzitegi Nagusia Iruñako Justizia Jauregian kokatzen da.

Iruñako Justizia Jauregia San Roque kaleko 4 zenbakian kokatzen den eraikin bat da, Iruñako San Juan auzoan hain zuzen ere. Komunikazio bikaina du Iruñako saihesbidearekin mugakide diren beste udalerrietatik datozen autoen sarrerarako.
Bere inguruan espetxea, oinezkoentzako enparantza bat, publikoa den aparkaleku handi bat eta beharrezkoak diren zerbitzu publiko guztiak aurkitzen dira: taxien geralekuak, hiriko autobus-geltokia, denda mota ezberdin ugari, ostalaritzako establezimenduak eta abar.

Eraikinaren eraikuntza 1996an bukatu zen eta proiektuaren egileak Manuel Sagastume eta Ángel Farinós arkitektoak izan ziren.

Eraikinak 16.292 metro karratu dituen azalera erabilgarri bat du, bi modulutan banatua: bat San Roque kale aldera jarria, bertan sarrera nagusia kokatzen delarik eta bestea, fatxada Monasterio de Irache kalera zuzendua, bertan Guardiako epaitegira aparteko sarrera bat aurkitzen delarik.

Sotoan garajea, artxibategiak, biltegiak, instalazio gelak eta ziegak kokatzen dira.
Beheko solairuak hurrengo zerbitzu hauek jasotzen ditu: Informazio Zerbitzua, Epaitegi Dekanoa, Nafar Auzitegi-Medikuntzako Erakundea, bi Familia auzitegi, Betearazpen eta Jakinarazpen Egintzen Zerbitzu Orokorra (BJEZO), prokuradoreen elkargoa, mantentze eta segurtasun zerbitzuak eta bi judizio-areto, hauetako bat berezia ezkontzen ospakizunetarako.

Lehen solairuan lan-arloko hiru epaitegiak aurkitzen dira, merkataritza-arloko epaitegi bat, espetxeratuen zaintzako epaitegi bat, artxibategi zerbitzua, prentsa-aretoa eta sei judizio-areto (hauetako bat epaimahaiarekin egiten diren epaiketentzako).

Bigarren solairuan Probintzia Auzitegia aurkitzen da (hiru sekzio dituena), Emakumeen aurkako indarkeriaren arloko epaitegi bat, adingabeen epaitegi bat, Zibil-arloko eta adingabeen fiskaltza, Zigor-arloko 4 zenbakiko epaitegia, informatika gela, abokatuen toga sala eta hiru judizio-areto.

Hirugarren solairuan fiskaltza, hiru Zigor-arloko epaitegi, Instrukzioko lau epaitegi eta bi judizio-areto kokatzen dira.

Laugarren solairuan hiru auzien epaitegi, lehen auzialdiko sei eta hiru judizio-areto.
Bosgarren eta seigarren solairuak Justizia Auzitegi Nagusiari zuzenduak dira, bisita instituzionalentzako bilera gela bat, protokolozko ekitaldientzat sala bat, liburutegia eta judizio-areto bat.