O Tribunal Superior de Xustiza estará integrado polas seguintes salas: do Civil e Penal, do Contencioso-Administrativo e do Social.

 Comporase dun presidente, que terá a consideración de maxistrado do Tribunal Supremo mentres desempeñe o cargo; dos presidentes de Sala e dos maxistrados que determine a lei para cada unha das salas e, de ser o caso, das seccións que se poidan crear dentro dela.

O Presidente do TSX é nomeado polo Consello Xeral do Poder Xudicial por un período de cinco anos, mandato que pode ser renovado. Preside tamén a Sala do Civil e Penal, e a Sala de Goberno. É dicir, o Presidente do TSX de A Rioxa representa ao Poder Xudicial na Comunidade Autónoma, ten funcións xurisdicionais como presidente da Sala do Civil e Penal do TSX e tamén gobernativas como presidente da Sala de Goberno.

O actual presidente do Tribunal Superior de Xustiza de A Rioxa é Javier Marca Matute.