La Comissió Nacional d'Estadística judicial té l'origen en l'article 461.3 de la LOPJ que estableix que:

La Comissió Nacional d'Estadística Judicial, integrada pel Ministeri de Justícia, una representació de les comunitats autònomes amb competències en la matèria, el Consell General del Poder Judicial i la Fiscalia General de l'Estat, aprovarà els plans estadístics, generals i especials de l'Administració de justícia i establirà criteris uniformes i d'obligat compliment per a tots sobre l'obtenció, tractament informàtic, transmissió i explotació de les dades estadístiques del sistema judicial espanyol.

L'estructura, composició i funcions de la Comissió Nacional d'Estadística Judicial està regulada pel Reial decret 1184/2006, de 13 d'octubre.  La Comissió funciona en Ple i en Comissió Tècnica i té una presidència i secretaria rotatòria, per dos anys, entre el Ministeri de Justícia i el Consell General del Poder judicial. La Comissió Nacional d'Estadística Judicial es va constituir formalment el 17 de maig de 2007.