El Tribunal Superior de Justícia està format per les Sales següents: de les causes Civils i Penals, de les causes Contencioses Administratives i de les causes Socials.

 El componen un President, que també ho és de la Sala Civil i Penal, i té la consideració de Magistrat del Tribunal Suprem mentre tingui el càrrec; dels Presidents de Sala i dels Magistrats que la llei determini per a cadascuna de les Sales i, en el seu cas, de les Seccions que s'hi puguin crear.

El president del Tribunal Superior de Justícia de Navarra representa al Poder Judicial a la Comunitat Autònoma. És nomenat pel Consell General del Poder Judicial por un període de cinc anys. Durant el seu mandat compatibilitza les tasques governatives i representatives del càrrec amb les funcions jurisdiccionals com a president de la Sala Civil i Penal de l’Alt Tribunal.

El magistrat Juan Manuel Fernández Martínez presideix el Tribunal Superior de Justícia de Navarra (TSJN) des de febrer 2004,  després d’haver estat reelegit per un nou mandat pel Consell General del Poder Judicial al febrer 2009.