Le Tribunal Supérieur de Justice du Pays Basque, à l'instar des autres Tribunaux Supérieurs de Justice des dix-sept Communautés Autonomes a été constitué le 23 mai 1989.

L'article 152 de la Constitution espagnole de 1978 a prévu dans les Statuts d'Autonomie que l'organisation institutionnelle autonome devra se fonder, conformément au principe de séparation des pouvoirs, sur:

a) Une Assemblée Législative;

b) Un Conseil du Gouvernement et un Président nommé par l'Assemblée Législative; et

c) Un Tribunal Supérieur de Justice qui, sans préjudice de la juridiction propre au Tribunal suprême, sera le plus haut responsable de l’organisation judiciaire sur le territoire de la Communauté autonome; Il établit aussi avec la même condition que les recours procéduraux successifs seront portés jusqu’au dernier ressort, s’il y a lieu, devant des organes judiciaires situés sur le territoire de la Communauté autonome même.

Le Statut d'Autonomie du Pays Basque (1979), inclut l'Administration de la Justice du Pays Basque dans le Titre II consacré à la réglementation des pouvoirs du Pays Basque. À son article 34, il établit que le Tribunal Supérieur de Justice sera le plus haut responsable de l'organisation de l'Administration de la Justice dans le Pays Basque, avec compétence sur tout le territoire de la Communauté Autonome et devant lequel seront portés jusqu’au dernier ressort les recours procéduraux successifs et devra être structuré sur le fondement des dispositions prévues dans la Loi Organique sur le Pouvoir Judiciaire.

La Loi Organique sur le Pouvoir Judiciaire (1985) établit les Chambres qui constitueront les Tribunaux Supérieurs de Justice, leur composition et leurs compétences juridictionnelles respectives. Elle réglemente également le régime chargé de pourvoir les postes de Président du Tribunal Supérieur de Justice, des Présidents de Chambre et de Section et des Magistrats qui les composent.

Dans l'histoire de l'Administration de la Justice en Espagne, le Tribunal Supérieur de Justice du Pays Basque est le premier organe judiciaire dont la juridiction se limite au domaine territorial correspondant à l'ensemble des ressorts provinciaux d'Araba/Alava, Guipuscoa et Biscaye.

À la date de constitution du Tribunal Supérieur de Justice, les Audiences Territoriales de Bilbao ayant juridiction sur les domaines provinciaux de Biscaye et d'Araba/Alava ont été dissoutes tout comme l'Audience Territoriale de Pampelune dont la juridiction incluait le domaine provincial de Guipuscoa. Les Audiences Territoriales étaient conçues suivant le modèle d'organisation territoriale de l'Administration de la Justice comme conséquence du Titre V de la Constitution espagnole de 1812 et de la Loi Organique sur le Pouvoir Judiciaire de 1870.