La sentencia, de la que ha sido ponente el magistrado Manuel Marchena, señala que la irregularidad en los protocolos establecidos como garantía para la cadena de custodia no equivale a nulidad. La experiencia indica, según la sentencia, que son muchos los casos en los que el análisis científico de los restos materiales o biológicos que se encuentran en el lugar del crimen tiene lugar meses e incluso, en algunos casos, años después de la comisión del delito. 

Afirma que la exigencia de que el escenario del crimen esté precintado desde el momento en que éste se comete y, caso contrario, las evidencias allí encontradas no pueden ser tomadas en consideración, carece de toda fuerza persuasoria. No es irracional admitir, conforme a lo expuesto por los peritos, según la sentencia, que los restos óseos hallados en la hoguera corresponden a dos niños de 6 y 2 años, pese a que las fotografías que se incorporaron a la causa reflejen que un palo, una manta o una azada vieron rectificadas su posición inicial. También rechaza la tesis de que los restos óseos fueron colocados de forma subrepticia por terceras personas. 

El Tribunal Supremo afirma que es un dato fáctico expresamente probado por el jurado que los huesos analizados por los peritos fueron los mismos hallados en "Las Quemadas" y que éstos a su vez procedían de la hoguera avivada por el acusado.

La sentencia comparte la queja de la defensa acerca de las repetidas intervenciones televisivas del principal responsable policial de la investigación. Y aunque reconoce que es cierto, también afirma que no fue el único profesional ligado al proceso que explicó su versión ante los medios. 

Pese a todo, en este caso, la Sala afirma que basta con leer la singular motivación del veredicto para tener la convicción de que el jurado ha decidido exclusivamente sobre lo visto y lo oído en el juicio. Resalta también que el jurado ha hecho una minuciosa exposición de los muy variados elementos de convicción procedentes todos de la prueba practicada y que el hecho de que el veredicto haya coincidido con un cierto estado previo de opinión resulta intrascendente.

La Sala declara que hay indicios de una "intensísima fuerza incriminatoria" sobre la autoría de José Bretón y que "él sabía perfectamente que sus hijos no habían sido secuestrados, que ningún tercero los había apartado del control y cuidado de su padre. Y lo sabía porque, horas antes y con sus propias manos, había acabado con la vida de ambos".